Расчеты в текущих ценах / Строительные отходы и стоимость свалки  

Машина не самосвал и не осуществляет выгрузку в автоматическом режиме) поэтому люди выкидывают мусор, который находится в мешках руками

Самосвал не судьба поставить на перевозку? Погрузку мусора еще туда-сюда можно как-то пропихнуть, а вот с разгрузкой могут возникнуть проблемы. В отдельных случаях проходит и разгрузка, например когда отправляют в переработку целый сборный ж/б не подлежащий повторному использованию, но там обычно кран ставят, а не ручной труд.

Подскажите, если заказчик не взял стоимость утилизации отходов, в расчет на тендер только погрузка и транспорт, то можно не включать это в стоимость работ и далее, талоны будут заказчика, то вопросов в соответствии с законодательством не будет, или, как в дальнейшем решить вопрос  со стоимостью утилизации? 

В договоре должен быть пункт о том, кто является собственником отходов. Это разграничивает ответственность за отходы и финансовую часть. Если талоны Заказчика, то по идее он собственник отходов, образующихся в результате вашей финансовой деятельности. Вы лишь исполняете (за деньги) постановление №1450 51. После окончания строительства объекта (выполнения строительных работ) подрядчик обязан освободить строительную площадку от строительных отходов, неиспользованных материальных ресурсов и временных построек в согласованные с заказчиком сроки.

то есть осуществить вывоз и погрузку этих отходов и забрать по смете, или я что-то не понимаю

Всё верно. Просто это обязанность Подрядчика и не всегда есть компенсация в смете за это. Распределение по собственникам отходов  в договоре позволяет избежать проблем с экологией

💦Продолжая тему течи кровли! Ну и капремонтов наших...
«Вода полилась с потолка, мы были в шоке». В пятиэтажки «постучался» капремонт, а вместе с ним — куча проблем.